Program Studi PBA berdiri pada 21 Maret 1997 berdasarkan SK Nomor 11 Tahun 1997 yang diterbitkan Departemen Agama RI. Pendirian ini merespons kebutuhan tenaga pendidik bahasa Arab yang berkualitas di berbagai lembaga pendidikan. Misi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Madura dalam mengembangkan keilmuan Islam menjadi pijakan kelembagaan program ini. Program ini sejak awal berfokus pada pembentukan kompetensi linguistik dan pedagogik mahasiswa. Kurikulum awal dirancang agar lulusan mampu mengajar bahasa Arab secara profesional. Prodi PBA mengalami pembaruan kurikulum secara berkelanjutan sesuai kebutuhan pendidikan. Kehadiran Prodi PBA menjadi tonggak pengembangan pendidikan bahasa Arab yang terstruktur di Madura.

Prodi PBA melewati transformasi kelembagaan yang bersejarah ketika IAIN Madura berubah menjadi UIN Madura. Perubahan status ini diresmikan melalui Peraturan Presiden Nomor 52 Tahun 2025 sebagai landasan hukum alih status. Transformasi tersebut mendorong Prodi PBA memperbarui tata kelola dan relevansi kurikulumnya secara menyeluruh. Akreditasi Unggul dari BAN-PT menjadi bukti nyata peningkatan kualitas dan pengelolaan program. Kurikulum berbasis Outcome-Based Education (OBE) mulai diterapkan untuk memperkuat relevansi dan daya saing lulusan. Kerja sama dengan lembaga pendidikan nasional dan internasional pun terus diperluas. Prodi PBA kini berdiri sebagai program studi unggulan yang terus bertumbuh dan berdampak positif.